Ο Άγιος Μηνάς είναι ο πολιούχος άγιος του Ηρακλείου. Μάλιστα η γιορτή του στις 11 Νοέμβρη είναι αργία για την πόλη. Υπάρχουν γενικά αρκετοί θρύλοι για τον Άγιο, και συγκεκριμένα για το πώς προστάτευσε την πόλη σε πολλές περιπτώσεις, είτε ενάντια στους Τούρκους ή ακόμη κι αργότερα κατά τον βομβαρδισμό των Γερμανών το 1941. Ένας από τους θρύλους λέει μάλιστα ότι ο ίδιος ο Άγιος παρουσιάστηκε σε όραμα σε έναν καλόγερο για να υποδείξει τη θέση για την ανέγερση του ναού του. Ο Καζαντζάκης τον αναφέρει συχνά στον Καπετάν Μιχάλη:
«Κάθε μεσάνυχτα, την ώρα που 'ναι χαμένη στον ύπνο η πολιτεία, ο Αι- Μηνάς κατεβαίνει αθόρυβα από το κόνισμά του, παίρνει σβάρνα τα μουράγια, διαβαίνει στις ρωμέικες γειτονιές, αν έχουν ξεχάσει καμιάν πόρτα ανοιχτή, τη σφαλνάει, αν κανείς χριστιανός είναι άρρωστος κι είναι φωτισμένο το παραθύρι του, στέκεται και παρακαλάει το Θεό να τον γιάνει.»
Ο ναός που είναι ένας από τους μεγαλύτερους στην Ελλάδα χτίστηκε μετά τα μέσα του 19ου αιώνα. Η κρητική επανάσταση του 1866 επέβαλλε τη διακοπή των εργασιών, οι οποίες όμως συνεχίστηκαν το 1883 για να ολοκληρωθούν το 1895. Έξω από το ναό, στα σκαλιά που οδηγούν προς την πλατεία της Αγίας Αικατερίνας θα δεις τη βόμβα που αν και έπεσε σε αυτό το σημείο στον βομβαρδισμό του 1941 δεν εξερράγη. Στα αριστερά του ναού βρίσκεται ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά.
Μικρός ναός Αγίου Μηνά & Παντάνασσας
Ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά υπήρχε ήδη κατά την ενετοκρατία. Μετά την ανακαίνιση του το 1735 έγινε η μητρόπολη των χριστιανών στον τουρκοκρατούμενο Χάνδακα. Δύο τραγικά γεγονότα σημάδεψαν την ιστορία του: Τον Ιούνιο του 1821 εν ώρα λειτουργίας, οι Τούρκοι έσφαξαν όσους βρίσκονταν στο ναό και τον περίβολο του, από απλούς πολίτες έως μητροπολίτη, επισκόπους, ηγούμενους. Το Πάσχα του 1826 κι ενώ επρόκειτο να γίνει δεύτερη σφαγή, ένας «καβαλάρης» με σπαθί αποτρέπει τους Τούρκους και τους καταδιώκει. Σύμφωνα με τον θρύλο, ο καβαλάρης αυτός ήταν ο Άγιος Μηνάς, προστάτης της πόλης. Αξίζει να επισκεφτεί κανείς το ναό για να δει εικόνες σημαντικών Kρητών αγιογράφων του 18ου αιώνα μεγάλης καλλιτεχνικής αξίας, όπως η «Υπαπαντή» και η «Παναγία Γαλακτοφορούσα» του Γεώργιου Καστροφύλλακα.