Ήταν ο μεγαλοπρεπέστερος καθολικός ναός του ενετοκρατούμενου Χάνδακα. Έπειτα ήρθαν οι Τούρκοι κατακτητές και μετατράπηκε σε «αυτοκρατορικό» (Χουγκιάρ) Τζαμί, αφιερωμένο στον Μωάμεθ τον Πορθητή. Απέκτησε και μιναρέ. Και μετά ήρθε ο σεισμός του 1856 για να αφήσει το μεγαλύτερο μέρος του ερείπια. Ό,τι απέμεινε γκρεμίστηκε το 1912 για να χτιστεί στη θέση του το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.
Κι όμως μέχρι σήμερα κάτι σώζεται από το καθολικό της μονής του Αγίου Φραγκίσκου του τάγματος των Φραγκισκανών μοναχών, κι είναι μπροστά στα μάτια μας. Η είσοδος των Δικαστηρίων, επί της οδού Δικαιοσύνης, περίτεχνη και πολύπαθη, υπήρξε κάποτε η κύρια πύλη του ξακουστού βενετσιάνικου ναού.