Από το ενετοκρατούμενο Ηράκλειο δε θα μπορούσε βέβαια λείπει ένας ναός αφιερωμένος στον προστάτη της Βενετίας, τον Άγιο Μάρκο. Βρισκόταν απέναντι ακριβώς από το Ανάκτορο του Δούκα (το οποίο δεν σώζεται πια, παρά μόνο τμήματα του μέσα σε καταστήματα και καφέ). Στο ναό γινόταν η ανάληψη καθηκόντων των αξιωματούχων και αρχόντων, καθώς επίσης ο ενταφιασμός των Δουκών σε σαρκοφάγους. Άρχισε να κτίζεται το 1239 και πέρασε από πολλές φάσεις μέχρι την αποκατάσταση του το 1956. Στη διάρκεια της τουρκοκρατίας είχε μετατραπεί σε τζαμί, και κατεδαφίστηκε το κωδωνοστάσιο για να τοποθετηθεί στη θέση του μιναρές. Επίσης δυστυχώς οι κατακτητές κατέστρεψαν τις τοιχογραφίες και τους χριστιανικούς τάφους. Αργότερα, όσο κι αν ακούγεται απίστευτο, λειτούργησε κάποια χρόνια ως… κινηματογράφος «Μινώα» κι έπειτα ως αποθήκη.
Μετά την αποκατάσταση του στην αρχική μορφή του, ως τρίκλιτη ξυλοστεγής βασιλική με δύο σειρές κιόνων, πλέον στεγάζει τη Δημοτική Πινακοθήκη. Πολύ συχνά φιλοξενεί εκθέσεις ντόπιων και όχι μόνο καλλιτεχνών, εκθέσεις φωτογραφίας αλλά και μικρά κονσέρτα και συναυλίες κλασικής ή τζαζ μουσικής. Με λίγη τύχη μάλιστα, και χωρίς κάποια ειδική περίσταση, ίσως πετύχεις τη Φιλαρμονική του δήμου Ηρακλείου στο προαύλιο της Βασιλικής να παίζει διασκευές γνωστών σύγχρονων κομματιών… από Lady Gaga μέχρι Michael Jackson!
Καθ’όλη τη διάρκεια της μέρας και ιδιαίτερα πιο αργά το βράδυ είναι αγαπημένο στέκι φοιτητών και νεολαίας γενικότερα, που κάθονται στα σκαλιά χαζεύοντας τον κόσμο στην πλατεία. Και αυτό είναι μια παράδοση πολλών χρόνων στην πόλη του Ηρακλείου.