Το λιμάνι έπαιζε ανέκαθεν σημαντικό ρόλο στη ζωή της πόλης. Στα χρόνια της Ενετοκρατίας έγινε κέντρο διαμετακομιστικού εμπορίου, καθώς ήταν σταθμός για τα πλοία που έκαναν εμπόριο με Αίγυπτο, Συρία, Κύπρο, Ρόδο κ.ά. Αποτέλεσε σημαντικό ναύσταθμο των Ενετών στην Ανατολικό Mεσόγειο, τόσο για τα εμπορικά όσο για τα πολεμικά τους πλοία. Το ενετικό λιμάνι πήρε την τελική μορφή του τον 16ο-17ο αιώνα, αλλά άρχισε να παρακμάζει κατά τον 19ο αιώνα μετά από φυσικές καταστροφές αλλά και ανθρώπινες παρεμβάσεις. Αργότερα, η διάνοιξη της παραλιακής λεωφόρου, κι η επέκταση του λιμανιού επέβαλαν το γκρέμισμα μέρους των νεωρίων, καθώς και των δύο Πυλών που οδηγούσαν από το λιμάνι στην πόλη (Πύλη Μόλου, Πύλη Νεωρίων) και έδωσαν στο λιμάνι τη σύγχρονη μορφή του.
Κούλες
Είναι αδιαμφισβήτητα το έμβλημα της πόλης. Η ονομασία Κούλες επικράτησε κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας, ενώ στην ενετοκρατία ήταν γνωστός ως Castello del Molo και Rocca a Mare. Χτισμένος με ογκόλιθους, πήρε την τελική μορφή του μεταξύ 1523 – 1540 και έπαιζε σημαντικό ρόλο στην προστασία του λιμανιού. Έχει δύο ορόφους: στις αίθουσες του ισογείου φιλοξενούνταν κατοικίες καπετάνιων, αποθήκες ή χρησίμευαν σαν φυλακή ή αίθουσες βασανιστηρίων των Κρητών επαναστατών, από τους Βενετούς και στη συνέχεια από τους Τούρκους. Μια λεπτομέρεια που ακόμα και αρκετοί ντόπιοι αγνοούν είναι ότι την εποχή της τουρκοκρατίας ακριβώς απέναντι χτίστηκε ο «μικρός Κούλες» για την ενίσχυση της προστασίας του λιμανιού, ο οποίος ωστόσο κατεδαφίστηκε το 1936.
Η διαδρομή από την παραλιακή ως τον Κούλε και μέχρι το τέλος του λιμενοβραχίονα, είναι από τους πιο κλασικούς περιπάτους των Ηρακλειωτών. Ιδιαίτερα το καλοκαίρι, εδώ θα συναντήσεις ανθρώπους όλων των ηλικιών, άλλοι να περπατάνε, άλλοι να κάνουν ποδήλατο, άλλοι απλώς να χαζεύουν τη θέα, άλλοι σε ρομαντικά ραντεβού, κι άλλοι να ψαρεύουν στο λιμάνι. Φωτογραφίσου μπροστά στην επιβλητική είσοδο με το ανάγλυφο λιοντάρι του Αγίου Μάρκου – σύμβολο της Βενετίας και έπειτα περιπλανήσου μαζί με τους ντόπιους. Η διαδρομή στον λιμενοβραχίονα μήκους 3 χμ είναι απολύτως χαλαρωτική.
Μετά από εκτεταμένες εργασίες ανακαίνισης, ο Κούλες, από τον Αύγουστο του 2016, είναι πλέον επισκέψιμος. Διαβάτε περισσότερα στο νέο, ενημερωμένο άρθρο μας!
Νεώρια
Τα νεώρια, αυτές οι θολοσκεπείς επιμήκεις κατασκευές στα νότια του ενετικού λιμανιού ήταν ταρσανάδες. Εδώ οι Βενετοί ναυπηγούσαν κι επισκεύαζαν εμπορικά και πολεμικά πλοία. Αρχικά υπήρχαν τρία συγκροτήματα: τα Arsenali Antichi, τα Arsenali Vechi και τα Arsenali Nuovi. Σήμερα σώζονται μόνο τμήματα των Vechi (νοτιοδυτικά του λιμανιού) και των Nuovi (νοτιοανατολικά του λιμανιού), ενώ τα υπόλοιπα δυστυχώς κατεδαφίστηκαν για τη διάνοιξη της παραλιακής λεωφόρου. Δίπλα στα Arsenali Nuovi υπήρχε αποθήκη αλατιού και μια μεγάλη δεξαμενή νερού.