Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης λειτουργεί στα πλαίσια του Πανεπιστημίου Κρήτης. Στεγάζεται σε ένα διατηρητέο βιομηχανικό κτίριο στον κόλπο του Δερματά, που μάλιστα ήταν το πρώτο εργοστάσιο ηλεκτρισμού της πόλης. Ένα μεγάλο μέρος της έκθεσης του Μουσείου, τα «Μεγαδιοράματα» σε εισάγουν στην βιοποικιλότητα της Μεσογείου και στα περιβαλλοντικά χαρακτηριστικά της με σημείο αναφοράς την Ελλάδα και την Κρήτη γενικότερα. Υπάρχει βέβαια και το «Ζωντανό Μουσείο» όπου μπορείς να παρατηρήσεις σε ενυδρεία και ειδικά διαμορφωμένους χώρους μικρά ζωντανά ζώα του οικοσυστήματος της Μεσογείου, όπως οχιές, χαμαιλέοντες, βατράχια, τρίτωνες, κ.ά. Η έκθεση των «Απολιθωμάτων» συμπεριλαμβάνει δείγματα απολιθωμένων οστών από την Κρήτη και το Νότιο Αιγαίο, διαφόρων γεωλογικών περιόδων. Ανάμεσα τους και απολιθώματα από τον ελέφαντα της Κρήτης, και δύο είδη ελαφιών από την Κάσο και την Κάρπαθο.
Από τα highlights του μουσείου ωστόσο είναι το «Γιγάντιο Δεινοθήριο» και ο «Εγκέλαδος». Το πρώτο αφορά στο τρίτο μεγαλύτερο θηλαστικό στον κόσμο ύψους έως και 4.5 μ. και μήκους έως και 6.5 μ., ο σκελετός του οποίου βρέθηκε στην Αγία Φωτιά της Σητείας. Έζησε 8,5 εκ. χρόνια πριν και σήμερα το ομοίωμα του εκτίθεται μετά από ανασύνθεση που έκαναν οι επιστήμονες του Μουσείου μαζί με Ολλανδούς τεχνικούς. Όσο για τον «Εγκέλαδο», είναι ένας ειδικά διαμορφωμένος χώρος που θυμίζει σχολική αίθουσα. Οι επισκέπτες καθισμένοι σε… θρανία βιώνουν προσομοιώσεις πραγματικών σεισμών και μαθαίνουν τρόπους προστασίας. Το πρόγραμμα διατίθεται στην ελληνική και στην αγγλική γλώσσα.
Κατά καιρούς το ΜΦΙΚ φιλοξενεί και περιοδικές εκθέσεις, ενώ πραγματοποιεί κι άλλες παράλληλες δράσεις, έρευνες για το φυσικό περιβάλλον της Κρήτης και της Μεσογείου και παρέχει υποστήριξη σε τοπικά μουσεία φυσικής ιστορίας ανά την Κρήτη.